ปัญหาสำคัญที่มักจะพบอยู่บ่อยๆ ในทุกองค์กร ในเรื่องที่เกี่ยวข้องกับการกำหนดอัตราค่าจ้างหรือค่าตอบแทน พอที่จะสรุปได้ดังนี้

1. ปัญหาจากการประเมินค่างาน ถึงแม้ว่าการประเมินค่างาน จะเป็นวิธีที่มีหลักเกณฑ์ และทำให้การกำหนดค่าตอบแทนเป็นระบบที่ยอมรับกันทั่วไปก็ตาม แต่ก็ยังพบว่ามีข้อจำกัดที่สำคัญ อย่างน้อย 3 ประการด้วยกัน คือ

1.) งานที่มีลักษณะของความรับผิดชอบ ความชำนาญ ความพยายามและสภาพการทำงานเท่าเทียมกัน แต่งานหนึ่งน่าสนใจและค่าจ้างสูงกว่า ส่วนอีกงานหนึ่งไม่น่าสนใจและค่าจ้างน้อยกว่า จะเห็นได้ว่างานแต่ละอย่าง สร้างโอกาสความก้าวหน้าให้กับผู้ปฏิบัติงานแตกต่างกัน งานบางอย่างเมื่อทำไปนาน ๆ เข้า ผู้ปฏิบัติงานจะมีโอกาสที่จะก้าวหน้าขึ้นไปทำงานที่ดีกว่าได้ แต่งานบางอย่างยิ่งทำนานๆ เข้าก็ยิ่งตัน ความก้าวหน้าหรือโอกาสที่จะก้าวสู่ตำแหน่งสูงมีน้อย

2.) การตีราคางานไม่สัมพันธ์กับภาวะในตลาดแรงงาน กล่าวคือในการกำหนดค่าตอบแทนโดยทั่วไป มักจะพิจารณาปัจจัยที่สำคัญต่างๆ เช่น ความรับผิดชอบ, ความชำนาญ, ความพยายาม และสภาพของการทำงาน แต่จริง ๆ แล้ว ค่าตอบแทนสำหรับงานบางอย่าง ไม่ได้ขึ้นอยู่กับปัจจัยดังกล่าวเท่านั้น แต่หากขึ้นอยู่กับจำนวนความต้องการ และจำนวนปริมาณของแรงงานในตลาดแรงงานด้วย

3.) ไม่มีงานใดเลยที่จะกำหนดหลักเกณฑ์ในการประเมินได้ถูกต้องสมบูรณ์ โดยไม่อาศัยดุลพินิจของผู้ประเมินเข้ามาเกี่ยวข้อง การกล่าวอ้างว่า การประเมินผลงานนั้นใช้วิธีการทางวิทยาศาสตร์ ซึ่งอาจจะถือว่าเป็นการกล่าวอย่างเลื่อนลอยก็ว่าได้ เพราะไม่มีงานใดที่จะใช้วิธีการทางวิทยาศาสตร์เพียงอย่างเดียว แล้วจะได้ผลการประเมินอย่างถูกต้องสมบูรณ์ แต่เมื่อได้กำหนดเอาดุลพินิจเข้าไปช่วยแล้ว ความถูกต้องในการประเมินจึงเป็นไปไม่ได้ทั้งหมด

2. ปัญหาการกำหนดความเหมาะสมของค่าจ้างในแต่ละงาน ในแง่ของความยุติธรรมจะเห็นได้ว่า งานจะต้องนำมาเปรียบเทียบกัน เช่น งานการขาย, งานเสมียน, งานการผลิต, งานควบคุม หรืองานพยาบาล ระหว่างงานการขายกับงานพยาบาล อย่างไหนจะใช้ความพยายามมากกว่ากัน, งานเสมียนกับงานผลิต งานใดจะมีความรับผิดชอบมากกว่ากัน หรือการผลิตกับการควบคุม งานใดจะใช้ความชำนาญมากกว่ากัน เพราะงานต่าง ๆ เหล่านี้มีลักษณะแตกต่างกัน ส่วนประกอบของงานที่คล้ายกันมีน้อย จนไม่อาจเปรียบเทียบกันได้ว่างานใดสำคัญกว่ากัน และงานใดควรกำหนดค่าจ้างสูงกว่ากัน

ตามปกติแล้วผู้ปฏิบัติงานมักจะเปรียบเทียบงานของตัวเองกับของคนอื่น แล้วมาพิจารณาว่าทำไมงานของคนอื่นจึงได้ค่าจ้างสูงกว่า ทำไมงานผลิตจึงได้ค่าจ้างน้อยกว่างานบริหาร ทั้ง ๆ ที่งานผลิตสามารถวัดได้ว่าผลผลิตออกมาเท่าไร และทำกำไรให้มากน้อยเพียงใดจากจำนวนสินค้าที่ผลิต แต่ผู้ทำหน้าที่บริหารกลับได้ค่าจ้างสูงกว่า หรือทำไมงานการผลิตจึงกำหนดค่าจ้างสูงกว่าเสมียน ยิ่งไปกว่านั้นหากมีการเปรียบเทียบมากไปกว่านี้ เช่น เปรียบเทียบอายุ เพศ และเชื้อชาติของผู้ปฏิบัติงานด้วยแล้ว ยิ่งเห็นความแตกต่างมากยิ่งขึ้น

3. ปัญหาสถานภาพของตำแหน่งงานและค่าตอบแทน ปัญหาที่สร้างความไม่พอใจกับบุคลากรอีกอย่างหนึ่ง ได้แก่ ความไม่แน่นอนของการกำหนดสถานภาพของตำแหน่ง โดยทั่วไปแล้วองค์การมักจะใช้องค์ประกอบ 2 อย่าง ในการกำหนดสถานภาพของตำแหน่งงาน คือ ลักษณะของงานที่ทำ และ อัตราค่าจ้างหรือเงินเดือนของผู้ที่ทำงานนั้น ความไม่พอใจจะเกิดขึ้นเมื่อองค์การไม่ได้ยึดถือหลักเกณฑ์ดังกล่าว การยึดถือตัวบุคคลผู้ดำรงตำแหน่ง การดูแต่ชื่อของตำแหน่งงาน หรือการพิจารณาสถานที่ทำงานของตำแหน่งงาน เหล่านี้ล้วนทำให้กฎเกณฑ์ไม่อยู่กับร่องรอย ตามปกติเมื่อได้กำหนดอัตราค่าจ้างหรือเงินเดือนให้กับงานต่าง ๆ แล้ว องค์การจะวางลำดับชั้นของตำแหน่งงานเหล่านั้นลดหลั่นลงมา เพื่อแสดงสถานภาพของงานแต่ละอย่างเป็นระบบแน่นอน การกำหนดสถานภาพดังกล่าว องค์การแต่ละแห่งอาจปฏิบัติเหมือนกันหรือต่างกันก็ได้ ไม่ใช่เรื่องสำคัญ แต่เมื่อยึดหลักการอย่างใดแล้ว บุคลากรก็จะยึดเป็นแนวปฏิบัติ กลายเป็นประเพณียึดถือกันมา หากองค์การไม่ได้รักษาไว้หรือมีการเปลี่ยนแปลงอย่างไม่มีเหตุผลแล้ว ก็ย่อมจะสร้างความไม่พอใจให้เกิดขึ้น

นอกจากนี้มักจะถือกันว่า งานที่ทำแล้วร่างกายสกปรก มีสถานภาพที่ต่ำกว่างานเบาและงานที่ทำแล้วร่างกายไม่สกปรก เพราะในแง่ของเหตุผลบุคลากรที่เข้ามาทำงานใหม่ ๆ มักจะเริ่มระดับล่างซึ่งเป็นงานหนัก งานที่ทำแล้วร่างกายสกปรกหรืองานที่มีความสำคัญน้อย ตอนหลังจึงได้เลื่อนตำแหน่งไปทำงานที่เบาขึ้น ไม่หนัก หรือเปอะเปื้อนร่างกาย หลักดังกล่าวมักจะขัดกับการประเมินค่างาน ซึ่งถือว่างานหนัก งานที่ทำแล้วร่างกายสกปรกควรจะได้ค่าจ้างสูงกว่า ด้วยเหตุผลทางสังคมจึงกำหนดอัตราค่าจ้างในตรงกันข้าม กลับกลายเป็นว่าได้เลื่อนตำแหน่งขึ้นไปทำงานที่เบากว่า ทำแล้วร่างกายไม่สกปรก จะได้ค่าจ้างสูงและสถานภาพดีกว่า